Gandalf sprona allora Frodo a partire al più presto dalla Contea insieme a Samvise Gamgee, suo fedele amico e giardiniere. Insieme a Peregrino Tuc, Meriadoc Brandybuck e in seguito a Grampasso, i cinque si fanno strada fino a Gran Burrone (la casa di Elrond Mezzelfo). Durante il viaggio, Frodo viene ferito dal Re Stregone di Angmar, il capo dei Nazgul, gli Spettri dell'Anello, con un Pugnale Morgul. Curato, prima da Aragorn e Glorfindel, poi da Elrond, Frodo guarisce. Durante il Consiglio di Elrond si decide che l'Anello dev'essere distrutto, scagliandolo nel fuoco dal quale è stato forgiato: la voragine vulcanica del Monte Fato. Viene così formata la Compagnia dell'Anello, un gruppo rappresentativo di tutte le razze della Terra di mezzo con il comune obiettivo di proteggere Frodo, il Portatore dell'Anello e di aiutarlo nella sua missione.
Prima della partenza, Bilbo dona a Frodo una piccola lama elfica (in realtà un pugnale) chiamata Pungolo e una cotta di maglia nanica fatta di mithril. A Lothlórien, Galadriel regala all'hobbit un mantello elfico ed una fiala contenente la luce di Eärendil, la stella più cara agli Elfi.
Giunta alle Cascate di Rauros la Compagnia però si scioglie e Frodo continua la sua missione verso il Monte Fato accompagnato solo da Sam. Nel loro duro cammino vengono poi guidati da Gollum, una perfida e corrotta creatura che un tempo aveva custodito l'Anello prima che Bilbo lo trovasse e che brama di impossessarsene nuovamente.
La missione di Frodo si sviluppa lungo le terre desolate degli Emyn Muil e delle Paludi Morte, fino al nero cancello di Mordor (il Morannon). Lì, Gollum, terrorizzato dalla possibilità di veder cadere l'Anello nelle mani di Sauron, indica a Frodo un'altra possibile via per entrare nella Terra Nera: il passo di Cirith Ungol. Dopo l'attraversamento della regione di confine tra Gondor e Mordor, l'Ithilien, durante il quale Frodo, Sam e Gollum vengono temporaneamente presi prigionieri da Faramir, capitano di Gondor, il terzetto giunge finalmente alla scala che conduce al valico di Cirith Ungol, sede della tana di un essere mostruoso e antico: il ragno Shelob. Frodo cade vittima del mostro e, paralizzato dal suo veleno, viene preso prigioniero dagli Orchi. Ma Sam lo libera avventurosamente, e insieme possono riprendere il duro e tormentoso cammino verso il vulcano dell'Orodruin. Senza più forze e speranza, Frodo giunge così, portato sulle spalle da Sam, sull'orlo dell'abisso dal quale potrà finalmente distruggere l'Anello; ma all'ultimo momento, inaspettatamente, egli non riesce a resistere alla tentazione di indossare il monile proclamandosi "Signore dell'Anello". Tutto sembra precipitare verso la catastrofe, ma improvvisamente ricompare Gollum, che di nascosto ha continuato a seguire il Portatore dell'Anello nella speranza mai venuta meno di rientrare in possesso del suo "tesoro". Frodo viene assalito da Gollum che, nella lotta, gli stacca il dito con un morso e si impadronisce dell'Anello, ma in preda alla felicità mette un piede in fallo e cade con esso nella lava del vulcano. L'Anello è distrutto, Frodo è di nuovo libero, e, quando tutto sembra travolgerlo, ricompare Gandalf sul re delle aquile per portarlo in salvo.
Due anni dopo la conclusione della Guerra dell'Anello, quando ormai è chiaro che le sue ferite ricevute durante il viaggio non potranno mai guarire definitivamente, a Frodo e Bilbo, in qualità di Portatori dell'Anello, è consentito dagli Elfi di partire con loro per Valinor, assieme a Gandalf, Elrond e Galadriel, i tre portatori degli Anelli degli Elfi. Il 29 settembre del 3021 (T. E.) salpano con una nave elfica per l'Ovest in partenza dai Porti Grigi. Non avendo figli, Frodo, lascia Casa Baggins e il Libro Rosso dei Confini Occidentali a Sam, il quale lo avrebbe raggiunto molti anni dopo, salpando anch'egli dai Mithlond.
Nella trilogia cinematografica diretta da Peter Jackson, il ruolo di Frodo è interpretato dal giovane attore statunitense Elijah Wood.
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